כאשר מוגשת תביעת אבהות לבית משפט לענייני משפחה, מתבררת התביעה, בדרך כלל, ללא קושי מיוחד.   
הדרך הפשוטה ביותר לבירור תביעה כזו תהיה כאשר הנתבע, הנטען לאבהות, מביע את הסכמתו להיבדק. לאחר נתינת הסכמה זו, נותן היועץ המשפטי לממשלה את חוות דעתו לבית משפט. באם היועץ המשפטי לממשלה אינו מוצא כל סיבה להתנגד לבירור האבהות, ייתן בית משפט צו לצדדים המורה על עריכת בדיקת רקמות. הבדיקה הינה בדיקת דם (בדרך כלל) הנערכת במעבדה לסיווג רקמות המצויה במספר בתי חולים ברחבי הארץ. על כל הצדדים (אב, אם, קטין או קטינים) להתייצב באותו מועד ובאותו מקום לבדיקה. 

כאשר האב הנטען מתנגד להיבדק, בירור התביעה, הופך למורכב מעט יותר. במקרה כזה, לאחר שניתנה חוות דעתו של היועץ המשפטי לממשלה, בית המשפט יכול להורות על הוכחת התביעה בדרך של חיוב בבדיקת DNA חיצונית (דגימת רוק או שיער ראש), או לברר את התביעה בעזרת ראיות שאינן רפואיות. (הבאת עדים, צילומים, הקלטות וכד' שמהם יכול בית המשפט להסיק את האבהות).  

בירורה של תביעת אבהות לקטין שאמו הייתה נשואה בעת הורתו לאדם אחר היא הבעייתית מכל.
כידוע, על פי ההלכה היהודית, ילד שנולד לאישה נשואה, מגבר שאינו בעלה, מוגדר כממזר. על ממזר חלה הגבלה קשה בעניין נישואין: הוא יכול להינשא רק לממזרת או לגיורת (וכן לשפחה – דבר שאיננו רלוונטי לדורנו) ותוקפה של ההגבלה ההלכתית אורך עשרה דורות. אות קלון חמור זה הביא את פוסקי ההלכה למציאת פתרון שימנע, ככל האפשר, מהכרזה על אדם כממזר.           
בשנת 2008 נכנס לתוקפו התיקון האחרון בחוק מידע גנטי. בטרם תוקן החוק, התחבטו בתי המשפט בשאלה איזה אינטרס יש להעדיף, שמירת כשרות הקטין, מול זכות הקטין לדעת מיהו אביו מולידו וזכות האב הביולוגי בהכרת אבהותו. מהי טובת הקטין באשר הוא ובהמשך- טובתו של הקטין הספציפי. כעת על פי התיקון (סע' 28 ו'),  תחם המחוקק את שיקול דעתו של ביהמ"ש והעמיד את כשרות הקטין כשיקול המרכזי  העומד לנגד עיניו.

בתיקון האחרון אימץ המחוקק למעשה את גישת ההלכה על פיה יש למנוע ככל האפשר, הכרזתו של אדם כממזר.    
הפסיקה אינה מסתפקת בהימנעות מהפנית הצדדים לבדיקת אבהות אלא נמנעת מכל דרך אפשרית אחרת העלולה להביא להכרזת מאן דהו כממזר. בפסק דין שניתן בבית המשפט למשפחה (תמ"ש (י-ם) 13632/08), דחה בית המשפט אפשרות להוכיח אבהות במקרה בו הילד היה הופך לממזר, בדרך של הבאת ראיות, להוכחת אבהות לכאורה, מאחר ודרך עקיפה זו עלולה להביא בדיוק לאותה תוצאה אותה מבקשים למנוע.     

לתוצאה דומה הגיע גם כב' השופט גייפמן בהחלטה מיום 24.6.09 שניתנה בתמש 87471/00. – הנושא של בירור תביעת אבהות בהליך של שמיעת ראיות בלבד (ללא בדיקות רפואיות) הועבר למתן חוו"ד של ביה"ד הרבני הגדול, אשר עמדתו, כעמדת המחוקק, ברורה וצפויה.  
החריג לחוק מוגדר בשני מקרים בלבד: במקרה קיצוני של סכנת חיים או גרימת נכות בלתי הפיכה (סע' 28 ה' (4) לעיל).       

בירורה של תביעת אבהות לקטין שאמו היתה נשואה בעת הורתו לאדם אחר, בעייתית לא רק ביהדות. באיסלאם – אבהות חוקית – על פי דין, אפשרית רק לגבי ילד מוסלמי שנולד מנישואי הוריו, ילד שנולד מחוץ לנישואין, לאשה רווקה או נשואה, נדון להיות בן-בלי-אב מבחינה משפטית, וזכויותיו מכוח הדין הדתי הן אך כלפי אמו בלבד. הוא אינו זכאי לזכויות כגון ירושה ומזונות מהדין הדתי וכן דבק בו כתם חברתי.      
 

בנצרות – בניגוד למשפט העברי ולאיסלם, מעשי ניאוף אינם מטילים כתם חברתי,אישי או כלכלי על הקטין, מאחר וטקס ההטבלה הנוהג אצלם, מטהר את התינוקות ממעשי ההורים ומן הדרך שבה באו לעולם.  למרות זאת, בתי המשפט בארץ, לא ממהרים ליתן פסקי דין המורים על ביצוע בדיקת רקמות כאשר מדובר בצדדים המשתייכים לדת הנוצרית, מחשש לפגיעה בעיקרון העל של טובת הקטין.   
בפסק דין (תמש (קריות) 13460/06) לאחר התנגדות היועץ המשפטי לממשלה ובשל החשש כי בירור האבהות עלול להביא בסופו של דבר לגירושי ההורים – וכפועל יוצא יגרם נזק לקטינה, דחתה כבוד השופטת אספרנצה אלון את תביעת אבהות אשר בירורה היה עלול לגלות כי הילדה נולדה מחוץ לנישואין לאישה נשואה. השופטת קבעה כי טובתה של הילדה היא שלא לברר את האמת לגבי אביה הביולוגי האמיתי.